Центральный аппарат

1. Руководство (Дирктор, Первый заместитель Директора, двое Заместителей Директора)

2. Бассейновое управление мелиорации и ирригации

3. Управление бухгалтерского учета, финансов и сбора средств за услуги по водоснабжению

4. Отдел экономики и прогнозирования

5. Отдел насосных станций и электрических подстанций

6. Отдел механизации и транспорта

7. Отдел поддержки ассоциации водопользователей  

8. Сектор строительства и берегоукрепительных работе  

9. Сектор внешнеэкономической связи и инвестиции

10. Сектор кадров и спецработ  

11. Правовый сектор

12. Общий сектор